朱元璋舍宰相设六部的初衷是为了平衡相权，防止有大臣独揽大权，毕竟从古至今被宰相把持朝政最终皇权易主的例子足够多。明代是少有的皇权绝对凌驾于其他大臣的朝代，即便后来东西厂、内阁在朝堂上只手遮天，皇帝也能通过一纸号令罢免之。
但是，舍弃了相权的设定反过来相当于把需要过滤细节的中枢系统直接摆到了皇帝面前，更多的与各部大臣对接，也就变相增加了皇帝的工作量，日复一日的朝政处理之中，必然产生惰性，不能设立宰相，那么就设立类似机构辅助决策，并不能解决根本问题。
为了防内，又必须增加监察机构，最终整个官僚体系开始持续膨胀，管民的官少，管官的官多，机构冗余，必然出现系统性问题。内部管理混乱不堪，皇帝不参与决策，全靠官僚体系自身进行运转，各部门之间互相掣肘，结果就是什么事情都做不成。那么被满清入关也只是迟早问题。
朱元璋想搭建一个互相限制的官僚机构，但是这样调整的前提是皇帝本身需要有能力完成多线程处理，这对于朱元璋本人来说也许尚可承受，但对于养尊处优的后代来说，负担过于沉重了。