这本书的主标题为“性别麻烦”，巴特勒在序言里对麻烦做了解释，她将自己的批评定义为找麻烦，并且提出，麻烦是避免不了的，挑战在于如何最好地制造麻烦，什么是身处麻烦最好的方式。在这本书里，她对“性别”提出了全新的观点，给男/女这个看似亘古不变的稳定二分法带来了动荡。
在第一章中，巴特勒从“主体”出发、对“性别”、“生理性别”和“社会性别”等词做了理论上的辨析与解构。在女权主义运动中，“妇女”一向是行动的主体，而巴特勒认为这样限定性的身份运动注定是排他性的，还会导致各项分歧。因此她从“主体”出发，对“性别”做了解构。在身份政治中，我们总是假设主体是稳定的，这默认了主体的自然性。巴特勒的主体观建立在建构主义之上，她警惕哲学意义上“普遍的人”这个概念具有的“前话语”陷阱，警惕形而上学实在论的本质主义倾向。巴特勒的主体观带有福柯的色彩，福柯认为主体是权力通过话语实践建构的，关于这个建构性别化的主体的权力到底是什么，巴特勒探析了伊利格瑞与维蒂格的学说。在女权主义理论内部，伊利格瑞认为建构性别的权力机制是阳具逻格斯中心主义，即在语言层面上，能指与所指都在男权意指经济中运作，因此不管是主体还是他者，都是男性，女性根本无法得到再现。而维蒂格沿袭波伏娃的传统，女性是被标记的性别，认为建构性别的权力是强制性异性恋霸权。巴特勒在继承她们学说的同时也反思了其中的预设陷阱，她认为伊利格瑞过于夸大了阳具逻格斯中心主义的力量，仍然无法逃脱二元论的窠臼，而维蒂格虽然打破了性别，她的唯物主义立场又使她落入了“普遍的人”这个陷阱。实际上，不存在什么先于性别的主体，性别化的主体永远都是和权力同时共延的。建构性别的权力也不可能只有阳具逻格斯中心主义或是强制性异性恋一种，性别作为一个看似稳定的概念，其实是由无数的社会规范起了建构作用。因此，如果性别整个概念都是建构的话，生理性别与社会性别的分类自然就不攻而破了，而附着于生理性别、社会性别、欲望形式等概念上的身份，更丧失了其稳定性。
在第二章中，巴特勒转向结构主义与精神分析，探究欲望、禁制与权力的关系。生理性别与社会性别这二分法无疑是结构主义的，它预设了有一套象征秩序将生理性别转化为社会性别，而根据拉康的语言理论，这种转化注定是失败的结局。在对精神分析的批判与重读中，巴特勒从福柯在《性史》第一卷对压抑假说的批判中得到启发，认为大写律法既是司法性的律法也是生产性的律法，也就是说，在俄狄浦斯情结中被认为是原初乱伦禁忌，其实是禁忌律法生产的结果，同性禁忌其实是先于乱伦禁忌的，律法优先于性欲而存在，而性欲与性别的同一性正是在异性恋框架里运行的结果。
但是相信很多人依然有这样的疑惑，我们的生理性别难道不是由身体决定的吗，而身体不就是本质的吗？对巴特勒来说，身体恰恰是一个绝佳的战场。在第三章中，巴特勒对克里斯蒂娃、福柯与维蒂格的政治策略进行批判重读，希望找到颠覆的政治。克里斯蒂娃虽然从语言学上提出了身体作为颠覆的可能，但她“母性身体”的政治却充满了矛盾，将母性与前话语等同，便是将理论预设在了父权结构之上。甚至提出性与权力同时并存的福柯，在研究阴阳人时也假设了有一种“原初的快感”。维蒂格推翻生理性别的同时，寄希望于推翻性别话语本身，这种彻底的革命观点无视了性别话语的复杂性。至此，巴特勒提出，主体、身份、身体、性、性别、欲望与快感等都是在权力与律法的管控实践下生产的，不存在所谓“律法”之前的前文化语境，既然如此，颠覆的可能性必然存在于律法之内，在她看来，就是身体。从波伏娃开始，女权内部理论便沿用了笛卡尔的身/心二分法，并把身体至于精神的统治之下。但是巴特勒把精神纳入了身体的范畴，她认为身体不仅仅是物质的，还是权力作用的表面，是权力的疆界，用福柯的话说，即“灵魂是身体的牢笼”。
身体的颠覆何以可能，让我们先回到第一章探析的主体问题，对话语的重复引用书写了我们性别化的身体，建构起我们的主体，但是这样的引用注定会成功吗？德里达甚至声称引用的失败是不可避免的。事实上，性别是一个不断重复的过程，不是先在的原因，也不会有一个完满的结果，阴阳人、同性恋者-这些性别规范外的主体就是最好的注解。
在这个框架下，巴特勒提出了“戏仿”与操演”理论。性别是一个不断操演的过程，性别化的身体在对话语的重复操演中被建构。但是操演总有缺陷和失败，主体只能无限的接近规范。她从扮装表演中获得启发，认为扮装不是对女性的贬低，而是一种蕴藏着颠覆潜能的力量。一个性别对另一个性别的身体模仿，并不是复制品对真品的关系，而是复制品对复制品的关系，是用身体作为政治武器，对性别规范的挪用与重组，在这个过程中，身体有了重建的可能性。
巴特勒的操演理论是酷儿理论的开篇，使得女性主义迈向了第三波浪潮-后现代主义。第一波女权主义运动主要是政治权利的争取，第二波女权主义运动中，波伏娃提出“女人不是天生的，而是变成的”后，生理性别/社会性别的分野成为了许多研究的起点。巴特勒则站在了完全的建构主义立场上，认为根本没有所谓的性别！这似乎也是性别在解构主义浪潮中必然的结局，解构一切，包括性别。
但是这种解构带来的解放意义不仅仅停留在理论的层面。女性主义运动一直以来都以身份政治的方式运行，“妇女”是运动的主体，也是运动的口号。因此女权哲学在建构理论之时，主体一直是论争的中心，即谁在反抗谁，谁在反抗什么。但这也带来了许多问题：身份在多元文化的影响下，逐渐变成了一串冗长的符号：女性与种族、民族、肤色、阶级等等概念混杂在一起，无穷无尽，当我们把女性分为白人与黑人，异性恋与女同性恋，将女同性恋又细分为T和P，每个人的身份符号不断增殖，但是这符号上的无限扩张只会将联盟内部的团结耗竭。
要想将女权运动带出这种死循环，必然要打破性别身份的牢固性。巴特勒在序言里说，她想为性别打开可能性。至于可能性有什么用，她回答说“没有一个了解在社会世界里，以一种不可能的、难以读懂的、无以实现的、不真实的和不合法的状况生活是什么滋味的人，会问出这样的问题”。是啊，可能性是生活里最宝贵的希望，相对于打破性别二元框架的恐慌，那些在强制性异性恋规则下自我怀疑、受到霸凌甚至被放逐出社会体系的人，那些性别认同不符合社会性别规范的人，性欲实践无法统一的人，在生活中长期被打上“不正常”的标签，他们通过酷儿理论，在性别的强权中看到裂缝，从裂缝中看到光亮，从光亮中看到抵抗的意义。巴特勒自己就是性别规范的受害者，《性别麻烦》从某种意义上来说就是她的自传，她是女同性恋，在十六岁的时候便出柜了，生活中的性别暴力使她迫切想要为自己的性/别实践找到合法性。那些常态化的、自然化的性别话语，那些排他性的、理所当然的性别规范，是隐藏在最深处的结构暴力。
酷儿理论便是抵抗这种结构暴力最好的理论武器。“酷儿”一词也很意思，它原是用来指代同性群体的贬损性称呼，但是同性群体挪用了这个称呼，以酷儿自称，骄傲地宣布自我的价值，以此对性别暴力反讽与回击。酷儿群体也逐渐从同性群体逐渐扩大到性少数群体，向异性恋霸权与二元性别发起挑战。相比身份政治，酷儿运动跳脱出了身份的桎梏，许多人不再自称是同性恋者或者跨性别者，而称自己只是一个酷儿，任何对性与性别存有疑虑，任何被性别规范排除在外的人，都可以是酷儿。酷儿政治是具有颠覆性的，酷儿的联盟虽然是流动的，但比身份政治更加坚固，一个酷儿可以成为任何一种性别，想穿哪个性别的衣服就穿，想爱哪个性别的人就爱，性的话语与实践不再桎梏于性别的规范之中。
更重要的是，酷儿政治的目的不是对立而是消解。根据巴特勒的理论，性别只有进行时，没有完成时，我们每个人都可能是酷儿。放在当下来说，男女之间的性别对立日益严峻，“直男癌”与“田园女权”之间的战争愈演愈烈，异性恋对同性恋群体的污名有增无减。若是把性别当作战场，我们总以为消灭对方才是唯一的出路，因此伊利格瑞提出创造一种“阳具逻格斯中心主义”之外的语言，克里斯蒂娃想要寻找母性身体，还有一些学者将解放寄希望于“原初的快感”。这些策略固然有其解放的面相，但从某种程度上来说也加深了两性之间的对立。酷儿政治颠覆了我们的思考方式，我们不必去寻求消灭，而是去消解这些对立，当性别流动了起来，性别政治成为了每一个人的政治。