以下剧透预警预警预警。
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本作一上来就是凶手视角，男主躺在玻璃塔最顶端的房间里，望着天空，后悔自己怎么就被抓到了，都是因为那个女侦探巴拉巴拉，然后回到故事开头：
男主是医生，因为家人生病需要照顾，所以不能做全职医生，被一个有钱老头雇佣做私人医生。
有钱老头就是这座玻璃塔的主人，生命科学界有希望冲击诺贝尔的那种大佬。因为自己的科学成就，赚了很多钱，根据自己发明的什么什么drug delivery system的结构造了这座中间是螺旋楼梯，绕着楼梯向上一层一个客房的塔。他是重度的推理迷，在男主开头躺的那个房间里收藏了很多推理小说及电影类的藏品。
平时玻璃塔里只住三个人，老头、女仆、管家。除此之外还有男主和一个厨子会不定时来访住家。
老头准备举办一个活动，召集了包含男主在内一群人到这个馆里（所以馆里一共有男主、女侦探、男刑警、女通灵者、男编辑、男推理作家、管家、女仆、厨子、馆主人），但在晚上活动开始前，男主造访老头房间，老头透露手里有一份稿子，足以颠覆推理界的历史，准备在当晚公开问题篇，让众人一起推理。男主听听就算了，他的主要目的是劝说老头一件事，一番口舌之后老头不答应还很生气，他就用老头的藏品之一——一种剧毒，给他下毒杀死了。地点在老头的房间，藏品室的下一层。
原来男主的妹妹患有渐冻症，有一家公司开发了有效药品，眼看着妹妹就要得救，却被发现这种药品侵权了老头的专利。药品公司想出大钱摆平，老头不肯。男主杀了老头，药品就能继续生产，拯救妹妹和更多病人。
男主投毒后准备离开，老头半死不活打通了内线电话，让管家上来救他。男主吓个半死，锁门后下楼躲进自己房间，等众人上楼之后，再出来会和，偷偷将钥匙放回老头房间，形成密室假象。众人进屋后，发现老头留下了死亡留言“Y”。女侦探很敏锐，怀疑地盯着男主看，男主回到房间后，把剩下的毒药放进了抽水马桶水箱。
所有客房和老头的房间都只有一把房间专门钥匙+一把万能钥匙可以打开。顶楼的收藏室用任意一把钥匙都可以打开。所有人中男刑警、女通灵者显然不懂推理也看不上这群推理宅。男刑警自然想报警，结果就是暴风雪山庄了，路断网断电话断车爆胎。起码要三天，警察才能来。
第二天早晨，女侦探来找男主，问他案情有关情况，她也是个推理迷，东拉西扯一大通推理小说内容，聊到途中火警响了，众人下楼发现是一楼上锁的厨房起火。破门而入后，发现管家被人捅了很多刀死了，凶手用死者的血留下了神秘留言，提到了十几年前的一桩连环失踪案。第二起密室杀人形成，这次是真的。
十多年前，接连有几名女性在登山途中失踪，活不见人死不见尸。凶手是一家用从流浪汉那里买来假身份开民宿的老板，在逃亡过程中遇到雪崩，所以警方认为他已经死亡。被这件事影响，整座雪山旅游业一落千丈，旅店等都关门大吉，荒废多年后是老头买下了这块地，建造了玻璃塔。近年又有类似事件发生，媒体怀疑是民宿老板没死再次开始行凶。男刑警就是为了此事到访玻璃馆，认识了馆主老头。
男主不知道发生了什么事，怎么又有人死了，但他决定和女侦探组队，刺探她的推理进程，并把第一桩案件的锅盖到第二桩凶手的身上。于是他主动去找女侦探，说自己想做华生，并将老头说的原稿一事告诉了女侦探作为筹码。女侦探同意后，带着男主开始探案。
第三天，梅开二度，一大清早又有火灾警报，众人下楼后发下没什么事情发生，只是女仆没出现。来到女仆房间查看后发现她穿着老头的藏品之一——白婚纱（号称是BBC版夏洛克可恶的新娘里的婚纱）死了，窗户开着（不知道叫什么名，类似古代潘金莲那种窗户，不过是倒着的，开口朝上），且有被人拷问过的痕迹。房间里有留言，“杀死中村青司”（绫辻行人大呼救命）。第三起密室成型。
看到这条留言，女侦探懂了，跑到视听室烧了幕布，发现有个神秘地下室，进入发现一具白骨尸体。看情况应该是几年前失踪的那个女性。看来当年那个民宿老板没死，并大概率就是馆主，一直在地下室做人体试验。凶手杀害三人应该是为了失踪女性报仇。
女通灵者本来就一直神神叨叨说这里有什么气息还有脚步声，这下吓死呆在房间里不肯出来，男主也有同感，总觉得有人在监视。因为女仆死在自己房间，所以担心有人用万能钥匙开门，于是将万能钥匙锁在老头的保险箱里，并将必须同时使用的两把钥匙分别交给了男主和男推理作家保管。
男主和女侦探在房间里探讨案情的时候，房外有人偷听，男主追上去没看到人影，却被推下楼梯摔晕。醒来后发现是女侦探在照顾自己，睡了很久起来女侦探还在他房间里洗澡……可是男主没什么心情谈恋爱，因为他发现自己想甩锅第一桩案件给另一个凶手，另一个凶手肯定也是这么想的。
虽然凶手的复仇已经完成，应该没有人会死了，女侦探因为没能阻止凶手有些失落，但男主找了点理由说还是应该在警方来前先找到凶手，其实他是想杀了那人好甩锅了啦。于是他们又开始查案，说服男推理作家打开了金库拿到钥匙开了老头房间的门，却发现老头身上还扎着一把刀！震撼，之前离开的时候明明只是毒死的，怎么又被插刀。而且，尸体边还放了一张神秘的纸，上面画着一些跳舞的人偶，显然是个密码，但不知道怎么用、干嘛用。
女侦探看了会儿现场，悟了。此时出现了，激动人心的“挑战读者”。
接下来就是一通长达全文三分之一篇幅的推理和几重反转，太长了不想写，总之爆点都在后面。以上内容如果顺序上有些混乱那是我的锅，毕竟他真的有点长，虽然可以算是一口气但也看了两天。一些图供参考。
